Dom Benedito Beni dos Santos nasceu em no dia 15 de janeiro de 1937, na cidade de Lagoinha-SP. Recebeu a Ordenação presbiteral no dia 22 de dezembro de 1962. Realizou os estudos de Filosofia no Seminário Central do Ipiranga e Teologia na Pontifícia Universidade Gregoriana em Roma, onde obteve Bacharelado e Licenciatura em Teologia Dogmática. Em seguida fez Mestrado em Filosofia da Educação, na Pontifícia Universidade Católica de São Paulo e Doutorado em Teologia Dogmática, de 1959 a 1964.
Antes de ser nomeado bispo atuou em diversas funções como Vice-reitor do Seminário Diocesano Santo Antônio; Vice-diretor do Instituto Diocesano de Ensino Santo Antônio; Pároco na Paróquia Imaculada Conceição de Quiririm; Responsável pela comunidade Nossa Senhora de Lourdes em Taubaté; Coordenador da Pastoral Familiar Diocesana; Moderador da Cúria Diocesana; Procurador da Mitra Diocesana; Membro do colégio de consultores; Vigário Geral da Diocese de Taubaté; Professor de Teologia Sistemática na Pontifícia Faculdade de Teologia Nossa Senhora da Assunção em São Paulo; Professor titular de Filosofia da Educação na Universidade de Taubaté.
No dia 28 de novembro de 2001, foi nomeado Bispo Titular de Nasai, e auxiliar da Arquidiocese de São Paulo pelo Papa João Paulo II. Sua ordenação episcopal aconteceu em Taubaté, interior de São Paulo, no dia 9 de fevereiro de 2002. Como Bispo Auxiliar de São Paulo exerceu as seguintes funções: Responsável pela Pontifícia Faculdade de Teologia Nossa Senhora da Assunção, pelo Secretariado Arquidiocesano de Pastoral, pela Catequese da Arquidiocese de São Paulo; Vigário Episcopal para a Região Lapa.
Também foi responsável pela Região Episcopal Lapa, Faculdade de Teologia, Curso de Diáconos Permanentes, e pelos Seminários da Arquidiocese e membro da Comissão Episcopal de Doutrina da Fé – CNBB (2003-2007). Acompanhou a Pontifícia Faculdade de Teologia Nossa Senhora da Assunção; o Secretariado Arquidiocesano de Pastoral; o Seminário Arquidiocesano Imaculada Conceição, que é composto por 4 casas de Formação – Seminário Propedêutico Nossa Senhora Assunção, Seminário Propedêutico Frei Galvão, Seminário de Filosofia Santo Cura D’Ars e Seminário de Teologia Bom Pastor –; a seleção e formação dos Diáconos Permanentes; e responsável pelo imprimatur para as publicações religiosas.
No dia 26 de abril de 2006, o Papa Bento XVI nomeou Dom Benedito Beni para ser o oitavo Bispo Diocesano de Lorena. Sua posse aconteceu no dia 18 de junho de 2006. De 2007 a 2011 foi membro da Comissão Episcopal Pastoral para a Doutrina da Fé da CNBB. Foi eleito membro delegado pela CNBB da 5ª Conferência Geral do Episcopado Latino-Americano e Caribenho além da Conferência de Aparecida, realizada em maio de 2007. Dom Benedito foi nomeado pelo Papa Bento XVI como padre sinodal da 2ª Assembléia Especial para a África do Sínodo dos Bispos, que aconteceu em Roma no mês de outubro de 2009.
Em janeiro de 2012 apresentou sua renúncia ao Papa Bento XVI. Neste mesmo ano celebrou seu Jubileu de Ouro Sacerdotal. No dia 25 de setembro de 2013, o Papa Francisco aceitou sua renúncia do governo pastoral da Diocese de Lorena e nomeou para sucedê-lo Dom João Inácio, OFM.
Como Bispo de Lorena, Dom Beni fez grandes e importantes realizações como a construção do novo Seminário Diocesano Nossa Senhora Mãe dos Sacerdotes, a criação de novas paróquias na Diocese e a construção de um Centro Diocesano de Evangelização, um lugar propício para a formação permanente dos leigos, catequistas e líderes de diversas pastorais e movimentos da Diocese de Lorena.